台湾的珊瑚捕捞，在日治时代都是日本人掌控，当时台湾人学习在日本船只捕捞珊瑚的经验，在光复初期，有些台湾人收购了日本人淘汰的旧渔船自行出海捕捞珊瑚，收获良好，开启了台湾珊瑚的鼎盛的时代。 在台湾捕捞珊瑚至少要在深海110-3000公尺的深度捕捞，除了经验之外，更重要的是运气，因此捕捞珊瑚几乎是看天吃饭的，大多是冬季捕鱼，捕捞鲭鱼、鲔鱼等鱼类，夏季捕捞珊瑚。
红珊瑚的开采分为两种，一种是传统的拖网捕捞，将石头放在网中，在放到海中去，藉由海流的带动，装着石头的网子会去撞击海沟，这时候珊瑚就会被卡在于网上一起拉上船，台语叫做『卡珊瑚』。早期的珊瑚捕捞，都是用人力手拉去把大海中的网子拉上来，需要很大的力气才行。现代改用绞绳机用机器去把网子拉上来。 捕捞珊瑚需要把网子沉到海中，在深海的地方捕捞，因此需要了解海流方向的丰富经验的船长带领，一年当中只有夏季，每年四月至八月才有较缓慢的海流可以捕捞珊瑚，如果遇到台风海流就会变的急流而无法捕捞珊瑚，因此大多数珊瑚船冬季就改成捕鱼。
台湾有规定捕捞珊瑚需要在12浬经济海域之外才能作业，因此船只到达目的地后，需要探鱼机观察海底突出的山顶，选好了深度和确定海流的方向和速度之后再放网，这都需要经验丰富的船长决定。 如果网子不小心被卡在海底，拉不上来的时候，就只能把网子弄断，避免船只被网子拖住而翻船。
国外由于保育观念成熟，所以大都采用摇控载具、载人潜艇等选择性渔法(selective)，只采集选定的珊瑚个体能将对深海的破坏减至最低;然而台湾的珊瑚渔法却是让网子在海底随海流漂移勾缠珊瑚并捞起，这类非选择性渔法对海底生态的破坏是非常大的。台湾珊瑚捕捞的管理早在1997年，台湾的行政院农业委员会就订定「兼营珊瑚渔业渔船应行遵守及注意事项」，其中有几项规定，希望藉此可以达到经济与珊瑚保育双赢。 第一就是渔船捕捞珊瑚的兼营许可期限以一年为限，也就是超过了期限需要再申请才能合法的捕捞珊瑚。 第二则是，限定珊瑚渔船捕捞的海域，仅限台湾东北、东南及西南距岸12浬外之5处海域(总面积约7,811平方公里)作业，这个规定可以搭配卫星定位系统，避免珊瑚渔船到保护的海域捕捞，也使的许多产区得以休整。
第三，珊瑚船需要安装卫星定位GPS，并且每小时回报船位，也要依规定填写及缴交渔捞日志。渔捞日志可以得知珊瑚的捕获量，控制捕获量才可以避免过度捕捞。 第四，珊瑚船只能从澎湖马公和南方澳渔港进出，其他渔港不能，出港前必须申报，转换捕捞的海域之前也要先通报，进港时必须接受检查 第五，每艘珊瑚捕捞限定一年200公斤，所捞到的珊瑚必须在苏澳渔会以公开的方式标售，每船年出口量限定120公斤以内。
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